Il Borgo di Prestine prima di essere unificato al Comune di Bienno era un borgo a sè, posto in posizione strategica all'ingresso della Valle Camonica sfruttò questo suo vantaggio riuscendo sempre a mantenere una propria indipendenza sia politica che militare e a contrattare favorevolmente con molte province italiane tra cui i Duchi di Milano che con la Serenissima.

Nel 1348 un'ondata di peste nera travolse molti comuni della zona tra cui quello di Prestine, causando molte vittime tra uomini, donne, bambini e molto bestiame.

Nel 1367 scoppiò una lite tra i vicini di Prestine e di Bagolino per il possesso dell'alpe Rondinino.
Alla pace di Breno del 31 dicembre 1397 il rappresentante della comunità di Prestine, si schierò sulla sponda ghibellina.

Nel 1433 il Senato Veneto concesse a Prestine l'esenzione dalle imposte per 10 anni, a compenso della fedeltà mostrata contro la ribellione dei Federici supportati dai Visconti.
Nel 1448 il Doge ordinò di far pagare i tributi a Prestine separatamente dal resto della Comunità di Valle Camonica.

Dal 1509 al 1512 i Biennesi, spalleggiati dai Francesi, effettuarono varie razzie nel territorio di Prestine, colpevole di non appoggiare il regime filo-francese.

Il 7 luglio del 1634 un fenomeno alluvionale del torrente Grigna distrusse gran parte del territorio circostante, tra cui molti edifici e la Chiesa Parrocchiale di San Apollonio a Prestine, che venne successivamente ricostruita in altra sede. 

Il Centro storico dunque è d'impronta secentesca, pochi ruderi rimangono del castello medievale la cui struttura si può cogliere nelle mura di una cascina.

Nel 1927 il comune venne unito a quello di Bienno con regio decreto.
In questi anni il borgo di Prestine ed altri comuni circostanti vennero colpiti da una forte crisi demografica a causa dello scoppio della II^ Guerra Mondiale.
Finita la guerra nel 1947, il Comune di Prestine fu ripristinato e tornò ad essere un'entità autonoma.

Il 20 dicembre 2015 si è svolto un referendum che ha sancito l'unione dei Comuni di Prestine con Bienno.
Il 19 aprile 2016 il Consiglio Regionale della Lombardia ha approvato l'unione dei comuni da ufficializzare entro il quindicesimo giorno seguente la pubblicazione in Gazzetta Ufficiale del decreto presidenziale che la delibera.
Il 23 aprile 2016 Prestine si è unito a Bienno prendendo il nome "Borgo di Prestine".